По окончании вуза работал инженером Института кибернетики Академии наук Украины (АНУ) и корреспондентом газеты "Комсомольское знамя". С 1976 года - научным сотрудником Института философии АНУ, где в 1982-м защитил кандидатскую диссертацию на тему "Методологические аспекты теории качества жизни".
В 1987-1991 годы Д. Выдрин работал преподавателем, завкафедрой политологии Киевского института политологии и социального управления. В сентябре 1991-го возглавил Международный институт глобальной и региональной безопасности. В 1994-1996 гг. был советником Президента Украины Леонида Кучмы по вопросам внутренней политики. В 1997-м стал одним из руководителей Южноукраинского экономического союза, в 2000-м - президентом Всеукраинской медиа-корпорации "Ведомости". Тогда же политолог и политтехнолог не удержался от соблазна стать активным политическим игроком. Для реализации планов выбрал партию "Яблоко" Михаила Бродского. В 2002-м в роли заместителя председателя партии пошел на парламентские выборы, однако для преодоления проходного барьера голосов избирателей этой политической силе не хватило.
В последние годы Д.Выдрин руководил общественной экспертной организацией "Европейский институт интеграции и развития", был одним из наиболее цитируемых украинскими СМИ экспертов-политологов. Он автор и соавтор более 500 работ по политологии, международным отношениям и философии.
На парламентских выборах-2006 Д. Выдрин снова решил попробовать себя в роли политика. Прошел в Верховную Раду под номером 92 избирательного списка Блока Юлии Тимошенко. В парламенте возглавил подкомитет по вопросам глобальной безопасности и стабильного развития Комитета по иностранным делам.
Еще минувшей зимой как представитель непримиримой оппозиции к антикризисной коалиции, основную роль в которой играет Партия регионов, и правительству Виктора Януковича Д.Выдрин говорил, что идея Ю.Тимошенко о досрочных парламентских выборах отнюдь не похоронена. Просто, по его словам, она перешла из доминирующей темы в сопутствующую. Относительно того, каким образом выстроится механизм работы оппозиции, депутат прогнозировал, что он "будет создан с помощью главного украинского метода - проб и ошибок". Лично он считал самым главным направлением принятие эффективного закона об оппозиции и формирование оппозиционного правительства. На потенциальных союзников по оппозиции Д.Выдрин смотрел скептически. В одном из интервью он сказал: "Я не знаю ни одного дела, которое "Наша Украина" довела до логического конца". Впрочем, и на вопрос "сильная ли оппозиция БЮТ?" депутат однозначно ответить не смог. "Если положить на одну чашу весов Юлию Владимировну, а на другую - всю нашу громадную фракцию, то, конечно, Тимошенко перевешивает сразу, - сказал он. - Поэтому проблема Юлии Владимировны - нарушить свой комфорт и начать либо подтягивать людей, либо давать больше функций тем, кто может в какой-то степени составить ей внутрипартийную конкуренцию."
То ли не будучи "подтянутым" к Ю.Тимошенко, то ли не сумев составить ей внутрипартийную конкуренцию, то ли в связи с близостью к М.Бродскому, который в минувшем апреле со скандалом разорвал политический союз с Леди Ю, Д.Выдрин также пошел на обострение отношений с главой фракции. Пиком его несогласия с линией БЮТ стал отказ написать заявление о сложении депутатских полномочий (впрочем, на это решился не он один). В то время как для оппозиции было крайне необходимо собрать 151 такое заявление - чтобы легитимизировать роспуск Виктором Ющенко Верховной Рады V созыва. Д.Выдрин и еще четверо отказников создали в парламенте внефракционное объединение "Вольные демократы". Кроме того, политик и политолог стал членом политсовета и президиума новой Партии вольных демократов, зарегистрированной М.Бродским в конце марта 2007-го.
Выдрин женат. Супруги воспитали дочь. Среди личных увлечений политика, политолога и политтехнолога - восточные единоборства, подводное плавание.