Кроме того, в поданной адвокатами жалобе говорится о том, что никаких нарушений со стороны губернатора допущено не было. Решения, по которым Короткову были предъявлены обвинения, принимались не им лично, а правительством области. Таким образом, защита считает, что в действиях губернатора отсутствует состав преступления.
2 мая Леониду Короткову были предъявлены обвинения в превышении должностных полномочий (статья 286 часть 2 УК), злоупотреблении ими (статья 285 часть 2 УК), а также в халатности (статья 293 часть 1 УК).
По версии следствия, в 2004-2006 годах на территории области с подачи главы исполнительной власти был незаконно увеличен среднеотпускной энерготариф, что произошло из-за включения в него затрат на содержание местного футбольного клуба "Амур". Всего футболисты получили таким образом около 41 млн рублей
Кроме того, следователи сочли губернатора виновным в приобретении по завышенной цене для разъездов по области двух джипов Toyota Land Cruiser у ООО "Трансфинанс", нецелевом расходовании 22,3 млн рубублей. из резервного фонда администрации области, а также в незаконном выделении 16 млн рублей. ОАО "Прииск Дамбуки" (Зейский район).
В итоге, как подсчитали в прокуратуре, "противоправные действия Леонида Короткова нанесли бюджету Амурской области ущерб в 123 млн рублей".