По словам главного редактора газеты Дмитрия Муратова, обращение вызвано тремя основными факторами. Во-первых, родственники Щекочихина так и не получили акта вскрытия. Во-вторых, коллеги журналиста не уверены в выводах медицинской экспертизы о причинах его смерти. Они смогли переправить крупным зарубежным специалистам добытые ими образцы тканей и краткое заключение судебных медиков. Эксперты пришли к выводу, что сам диагноз, возможно, и правильный, однако о причинах его возникновения ничего не сказано. "Это все равно что сказать, мол, человек умер от отека, но промолчать, что сам отек вызван укусом змеи. Не может интоксикация возникнуть просто так", - отметил главный редактор.
Третьей причиной обращения он назвал то, что из Генпрокуратуры были уволены несколько руководителей, прикрывавшие некоторые громкие дела, по которым вел свое расследование Щекочихин. В частности, Муратов назвал "дело "Трех китов" по контрабанде мебели, возобновлению которого во многом способствовал Щекочихин.
Обозреватель "Новой газеты" Юрий Щекочихин почувствовал недомогание 16 июня 2003 года, однако поехал в командировку в Рязань. По возвращении ему стало еще хуже. 21 июня он в тяжелейшем состоянии был доставлен в ЦКБ, а ночью 3 июля умер. Официальная причина его смерти - "тяжелая общая интоксикация".