В кассационной жалобе защита Алексаняна просила признать незаконным решение Басманного суда Москвы, продлившего срок предварительного заключения до 2 декабря 2006 года, и освободить его из-под стражи. Защита объясняла свою просьбу тем, что были нарушены нормы УПК и что решение Басманного суда "не было основано на фактических обстоятельствах".
23 августа Басманный суд продлил срок содержания Алексаняна под стражей до 2 декабря, удовлетворив ходатайство Генпрокуратуры.
Алексанян являлся начальником правового управления "ЮКОСа", а также представлял в качестве адвоката интересы экс-главы компании Михаила Ходорковского и бывшего главы компании "ЮКОС-Москва" Василия Шахновского. 6 апреля Симоновский суд согласился с доводами Генпрокуратуры и дал согласие на привлечение вице-президента "ЮКОСа" к уголовной ответственности. Ему было предъявлено обвинение по двум статьям УК РФ – "легализация, отмывание денежных средств" (часть 4 статьи 174.1) и "хищение чужого имущества" (статья 160).
Позже обвинение Алексаняну было переквалифицировано. В результате он обвиняется в присвоении или растрате чужого имущества (ст. 160) и легализации, отмывании денежных средств или иного имущества, приобретенных другими лицами преступным путем (ст.174). Кроме того, 14 июля Генпрокуратура предъявила ему новое обвинение - в уклонении от уплаты налогов с физического лица (ст. 198 УК РФ).
Генпрокуратура обвиняет Алексаняна в том, что в период 1998 и 1999 годах в составе организованной группы лиц он совершил хищение имущества ОАО "Томскнефть" ВНК и акций нефтеперерабатывающих предприятий, принадлежащих ОАО "Восточная нефтяная компания", на общую сумму около 12 млрд рублей. Кроме того, по данным следствия, Алексанян легализовал имущество, полученное в результате совершения им преступления.
