Эксперты считают, что закон устанавливает слишком высокий контроль государственных органов над НКО, так как власть получают возможность устраивать некоммерческим организациям бесконечные проверки. Кроме того, Совет Европы отмечает узаконенную дискриминацию иностранных организаций, которые будут находиться в более плохих условиях, чем российские. Таким образом, Москва, утверждавшая, что учла все пожелания западных партнеров, в действительности сделала это не в полной мере.
В заключении говорится, что последний вариант закона об НКО несколько лучше предыдущего, хотя все равно несовершенен. Среди положительных моментов отмечен отказ от требования перерегистрации некоммерческих организаций. Вместе с тем такие принципиально важные рекомендации, как ослабление государственного контроля над НКО и другие, так и не были учтены.
Как сообщалось ранее, 25 января на сессии ПАСЕ в Страсбурге было заявлено, что закон об НКО не соответствует критериям Совета Европы. Участники сессии отмечали, в частности, что новый закон будет мешать работе некоммерческих организаций в Чечне. 1 февраля Россия попросила Совет Европы провести еще один анализ закона об НКО и сравнить его с существующими законопроектами в области неправительственных организаций в государствах-членах Совета.