В 1993 году защитил докторскую диссертацию в Институте истории Российской академии наук, став первым иностранным гражданином, которому в России была присуждена ученая степень доктора. Редактор-составитель и комментатор нескольких десятков томов архивных документов по русской истории. Автор книг "Большевики и левые эсеры" (Париж, 1985); "К истории нашей закрытости" (Лондон, 1988; Москва 1991); "Крушение мировой революции" (Лондон, 1991; Москва, 1992); "Вожди в законе" (Москва, 1999, Москва, 2008, 2-е изд.), "ФСБ взрывает Россию" (в соавторстве с Александром Литвиненко).
Последние публикации Ю. Фельштинского: книги "Корпорация: Россия и КГБ во времена президента Путина" (в соавторстве с Владимиром Прибыловским) и "КГБ играет в шахматы" (в соавторстве с Б. Гулько и В. Поповым).