Три с половиной года чиновники препятствовали созданию этой некоммерческой организации, несмотря на вступившее в законную силу почти полтора года назад решение суда о незаконности таких действий.
6 июля 2007 года Егорьевский районный суд Московской области признал незаконным отказ Федеральной регистрационной службы в регистрации Антифашистского союза. Вопреки законодательству чиновники заявляли, что постоянно действующий руководящий орган организации не может располагаться в квартире ее сопредседателя, и на этом основании отказывали в регистрации. В Росрегистрации утверждали, что зарегистрируют антифашистов только в том случае, если владелец квартиры переведет свою собственность в разряд нежилых помещений. Сопредседатель Антифашистского союза Авелина Абарели-Лобжанидзе в ответ ссылалась на законы, но в течение шести слушаний, растянувшихся на года, с разными судьями ее аргументы не были услышаны.
Тогда антифашисты обратились за помощью в АГОРА, юристы которой специализируются на защите неправительственных организаций России. Правозащитники помогли активистам подготовиться к решающим судебным заседаниям в Егорьевском и Московском областном судах. И 23 октября 2007 года решение Егорьевского районного суда вступило в законную силу. После этого антифашисты обратились в Росрегистрацию с просьбой выдать им свидетельство о регистрации неправительственной организации. Однако в ответ чиновники предъявили абсурдное требование предоставить повторно все необходимые документы. После майского указа президента функции Росрегистрации по регистрации и контролю за НКО осенью 2008 года фактически перешли к Минюсту, который на днях и выдал организации соответствующий документ.
С 2004 года Антифашистский союз без государственной регистрации занимается продвижением антифашистских взглядов и помощью жертвам неонацистских нападений в столичном регионе. Организация ежеквартально издает информационно-аналитический бюллетень "Антифашист", распространяемый в Москве и Московской области. Также члены организации (преимущественно историки и философы) проводят различные акции протеста против проявлений неонацизма. Антифашистский союз активно сотрудничает с Молодежным правозащитным движением, Российским антифашистским Фронтом, Левым антифашистским фронтом и Антивоенным движением.
Антифашистский союз является инициатором учреждения в России премии для юристов имени Станислава Маркелова, направленной на увековечение памяти убитого адвоката и стимулирование юристов к защите права человека.