Государственные обвинители Юлия Сафина и Вера Пашковская 9 декабря представили суду два водительских удостоверения на имя Рустама Махмудова и Наиля Загидуллина, которые были выданы в 2003 и 1993 годах соответственно. Эти документы были изъяты при обыске в московской квартире, где проживали братья подсудимые Джабраил и Ибрагим Махмудовы. Прокурор Сафина заявила, что "эксперты, проанализировав эти документы, пришли к выводу, что на фотографиях изображено одно и то же лицо".
По данным следствия, Рустам Махмудов еще в 1997 году принял активное участие в похищении в Москве некоего предпринимателя по фамилии Овелян и вымогательстве у него крупной суммы денег. В конце того же 1998 года практически все лица, принимавшие участие в этом преступлении, были арестованы и осуждены. Наказания избежал лишь Рустам Махмудов, который стал скрываться под вымышленными именами.
Последний документ, которым, по версии следствия, пользовался Рустам Махмудов, был оформлен на имя некоего уроженца Татарии Наиля Загидуллина. Загидуллин рассказал следователям, что уходя в 1994 году служить в армию, оставил свой паспорт в военкомате. Но вернувшись на родину после демобилизации, свой паспорт он так и не забрал.
По данным следствия, Рустам Махмудов каким-то образом получил этот паспорт, а затем использовал его для получения водительского удостоверения и загранпаспорта. По нему подозреваемый в убийстве Анны Политковской и уехал за границу.
Адвокаты подсудимых выдвинули версию, что Рустам Махмудов являлся осведомителем ФСБ, которая и выдала ему так называемые документы прикрытия. Косвенным подтверждением этой версии служат показания, данные на следствии шеф-редактором "Новой газеты" Сергеем Соколовым. Он утверждал, что ему известно, что в 2005 или 2006 году Рустам Махмудов вместе с бывшим сотрудником ФСБ Павлом Рягузовым выезжал в Ростов-на-Дону на оперативные мероприятия, в ходе которых он опознавал задержанных там наркоторговцев и контрабандистов.
Ранее адвокаты подсудимых заявляли, что Махмудов, находящийся в розыске и скрывающийся за границей, готов приехать в Россию для участия в процессе. Также сообщалось, что подозреваемый был готов сотрудничать с правоохранительными органами еще на этапе предварительного следствия, однако тогда ему не предоставили требуемых гарантий.
Обозреватель "Новой газеты" Анна Политковская была застрелена 7 октября 2006 года в подъезде дома на Лесной улице в Москве, где она проживала. Вскоре по подозрению в причастности к этому преступлению были задержаны уроженцы Чечни Джабраил и Ибрагим Махмудовы, Магомед Демельханов. По делу были также задержаны бывший глава Ачхой-Мартанского района Чечни Шамиль Бураев и его знакомый подполковник ФСБ Павел Рягузов.
Позже уголовное преследование Бураева было прекращено. Кроме того, были освобождены из-под стражи Демельханов и некий Дмитрий Грачев, проходивший по этому делу. Обвинение в убийстве журналистки предъявлено трем фигурантам: Сергею Хаджикурбанову и братьям Джабраилу и Ибрагиму Махмудовым.
