В 2006 году "Русснефть" использовала те же схемы работы, что и в 2003-2005 годах, по результатам проверки которых налоговики дополнительно начислили ей 20,5 миллиардов рублей долга. Компания попыталась оспорить претензии ФНС в суде, но смогла снизить их лишь до 19,65 миллиарда рублей.
"Русснефть" покупала сырье у дочерних компаний через трейдеров с наценкой. Это приводило к росту расходов, на сумму которых нефтяная компания уменьшала налогооблагаемую прибыль. По мнению налоговиков, за период с середины 2004-го по 2005 год по этой схеме "Русснефть" закупила 16,4 миллиона тонн нефти, а напрямую приобрела лишь полтора миллиона тонн.
ФНС предъявила претензии к "Русснефти" в начале лета 2007 года, а в середине июля в СМИ появилась информация о том, что основатель компании Михаил Гуцериев вынужден уступить контрольный пакет акций Олегу Дерипаске. Дерипаска впервые подтвердил, что покупает долю Гуцериева в "Русснефти", лишь в конце апреля 2008 года.
Нефтяная компания достанется новому владельцу с большим обременением. Помимо налоговых долгов, выплата которых сделала "Русснефть" убыточной по итогам 2007 года, у нее есть долг перед кредиторами компании, самые крупные из которых — трейдер Glencore (около 800 миллионов долларов) и Сбербанк (1,6 миллиарда долларов).
