Прокуратура настаивала на привлечении обвиняемых к ответственности по статьям 285 ("Злоупотребление должностными полномочиями"), 286 ("Превышение должностных полномочий"), 292 ("Служебный подлог") и 299 ("Привлечение заведомо невиновного к уголовной ответственности") УК РФ. Однако обвинители отказались от привлечения обэповцев по статьям 292 и 299 еще в ходе судебного процесса.
Фальсификация уголовных дел была выявлена в 2004 году во время плановой проверки Промышленного РОВД Оренбурга прокуратурой. Проверяющие выяснили, что в период с января по май 2003 года в ОБЭПе производились махинации с заведением и закрытием липовых уголовных дел. Половина из них была заведена на вымышленных лиц, половина – на реальных, в основном на коммерсантов и продавцов с городских рынков. Однако в ходе судебного процесса, который начался в марте этого года, сторона обвинения отказалась от большинства эпизодов, вменяемых подсудимым. Из более чем 60 эпизодов противозаконными было признано только 17; большинство уголовных дел, как выяснилось в ходе судебных заседаний, были заведены по реальным поводам. Кроме того, осталось невыясненным, кто именно из сотрудников ОБЭПа прекращал фиктивные уголовные дела, поскольку все они были уничтожены в июле 2003 года самими оперативниками.
Двое оперативников – Цымбалов и Никитин – были полностью оправданы, поскольку, как отметил судья, у них было только по одному фиктивному делу и при этом "повод для их возбуждения у оперативников был". Остальных сотрудников отдела приговорили к выплатам штрафов, сумма которых колеблется от 10 тысяч до 25 тысяч рублей. Однако за истечением срока давности наказание было отменено. При этом все подсудимые остались работать в милиции.